SD DNA Polymerase — модифицированная термостабильная ДНК-полимераза с выраженной активностью вытеснения комплементарной цепи, расположенной впереди по ходу синтеза (downstream), и отсутствием 5′→3′-экзонуклеазной активности.

В отличие от классической Taq-полимеразы, SD DNA Polymerase обладает активностью вытеснения цепи, а в отличие от Bst-подобных полимераз — сохраняет термостабильность, позволяющую использовать высокотемпературную денатурацию и PCR-подобные режимы. Такое сочетание свойств позволяет объединять PCR и изотермическую амплификацию в рамках одного протокола и комбинировать этапы денатурации с изотермическими этапами.

Чувствительность и эффективность изотермической амплификации могут повышаться за счёт начальных этапов денатурации, что увеличивает доступность одноцепочечных участков ДНК.
SD DNA Polymerase применяется в PCR, PCDR (Polymerase Chain Displacement Reaction) и изотермической амплификации (например, LAMP), а также может использоваться в протоколах WGA и модифицированных вариантах ПЦР.

Включение начального этапа денатурации в strand displacement-протоколы может повышать доступность матрицы и эффективность амплификации в ряде приложений

Основные характеристики:

• выраженная strand displacement-активность
• термостабильность — совместимость с этапом денатурации, в том числе начальной денатурации в изотермических протоколах
• отсутствие 5′→3′ экзонуклеазной активности
• PCR и изотермическая амплификация в одном протоколе
• комбинированные форматы амплификации (PCR/PCDR, LAMP)
• высокая чувствительность при работе с низкокопийной матрицей
• эффективная амплификация GC-богатых и трудноамплифицируемых матриц
• амплификация длинных фрагментов
• отсутствие 3′→5′ proofreading-активности; профиль точности соответствует полимеразам без корректирующей активности и не предназначен для задач, требующих максимальной точности копирования
• образование 3’-A-overhang (совместимость с TA-клонированием)

Ферментативные активности:

• 5’→3’ ДНК-полимеразная активность
• 5’→3’ strand displacement-активность
• отсутствие 5’→3’ экзонуклеазной активности
• отсутствие 3’→5’ proofreading-активности

Температурные характеристики:

• оптимум активности: ~60–70 °C
• термостабильность: ~93 °C (частично сохраняет стабильность до 95 °C)
• рекомендуемая денатурация: 92–93 °C

Рекомендации для ПЦР:

Применение
Оптимальна для задач, где приоритетом является эффективность амплификации, устойчивость к сложным матрицам и высокая производительность.

• PCDR и родственные методы (strand displacement-амплификация)
• изотермическая амплификация LAMP (включая варианты, в том числе с предварительной денатурацией)
• WGA (whole genome amplification)
• амплификация GC-богатых и сложных матриц
• анализ низкокопийных образцов
• амплификация после синтеза кДНК (двухстадийная RT-PCR)

Использование SD DNA Polymerase расширяет возможности классической ПЦР за счёт реализации подходов с вытеснением цепи и комбинирования ПЦР с изотермической амплификацией. Фермент эффективен при работе со сложными матрицами и пригоден для разработки модифицированных форматов амплификации.

Хранение и транспортировка:: −15…−25 °C
Срок годности: 12 месяцев с даты поставки при соблюдении режима хранения.

Связанные продукты:

• SD Polymerase HotStart. Термостабильная SD полимераза для эффективной амплификации с вытеснением цепи c HotStart активаций, 10 ед./мкл
• SDR Enzyme Mix Hot Start. Смесь SD полимеразы и РНКазы H2 с Hot Start активацией (25х)

Версия SD Polymerase Hot Start на основе моноклональных антител сохраняет ключевые свойства фермента, но даёт более чистую и специфичную амплификацию за счёт подавления фонового синтеза. Антитела временно блокируют активность полимеразы при комнатной температуре; при нагревании блокировка снимается, и фермент активируется. Это позволяет готовить реакционные смеси без риска преждевременного синтеза.

Функция "горячего старта" особенно полезна в задачах, требующих строгого контроля специфичности (например, LAMP и PCDR), и менее критична для протоколов, таких как WGA.

Применяется для высокочувствительной RT-PCR (после синтеза кДНК), изотермической амплификации (например, LAMP), а также комбинированных режимов амплификации (PCDR, SDCR) и специфичного ПЦР-анализа низкокопийных и сложных матриц.

Применение
Рекомендуется для задач с повышенными требованиями к специфичности и контролю фоновой амплификации.

Хранение и транспортировка:: −15…−25 °C
Срок годности: 12 месяцев с даты поставки при соблюдении режима хранения.

Связанные продукты:

• SD Polymerase. Термостабильная SD полимераза для эффективной амплификации с вытеснением цепи c HotStart активаций
• SDR Enzyme Mix Hot Start. Смесь SD полимеразы и РНКазы H2 с Hot Start активацией (25х)

Статья

SDR Enzyme Mix Hot Start обеспечивает сверхчувствительную детекцию низкокопийных и сложных образцов (включая FFPE).
Hot Start активация полимеразы подавляет неспецифическую амплификацию.

Для реализации метода используются праймеры и олигонуклеотидные пробы, содержащие встроенные рибонуклеотидные позиции (rN), распознаваемые РНКазой H2. Это обеспечивает специфическое расщепление и запуск каскадной амплификации в формате SDCR.


Подробное описание метода и протокола в публикации:

Smirnova E.V. et al. Strand Displacement Chain Reaction (SDCR): New Hybrid Amplification Technique for Fast and Sensitive Detection of Genetic Materials. Biomolecules, 2025, 15(9):1313.
DOI: 10.3390/biom15091313

Optimax Polymerase Mix Hot Start — смесь модифицированной Taq ДНК-полимеразы с высокой процессивностью и фермента с 3′→5′ экзонуклеазной (proofreading) активностью. Комбинация ферментов обеспечивает высокую скорость амплификации и повышенную точность синтеза по сравнению с классической Taq-полимеразой.
Hot Start реализован на основе антител, блокирующих активность полимеразы до стадии денатурации и обеспечивающих её активацию в первом цикле ПЦР, что повышает специфичность и снижает фоновые реакции.
Фермент эффективно проходит GC-богатые участки и устойчив к ингибиторам ПЦР. Обеспечивает амплификацию длинных фрагментов ДНК (>10–15 kb) при сохранении высокой точности.
Подходит для амплификации из геномной ДНК, тотальной кДНК и сложных смесей, включая низкокопийные мишени.
Может использоваться как универсальный инструмент для рутинной ПЦР, сочетая повышенную точность и стабильность с удобством применения, сопоставимыми с улучшенными Taq-полимеразами.

Основные характеристики

• Высокая скорость амплификации
• Повышенная точность синтеза: выше, чем у классической Taq-полимеразы.
• Длинные ампликоны: более 10-15 т.п.н. для геномной ДНК, до 20 т.п.н. для плазмидной.
• GC-богатые матрицы: эффективная амплификация участков с высоким GC-содержанием.
• Hot Start активация на основе антител (на этапе дентатурации в первом цикле ПЦР)
• Повышенная точность синтеза по сравнению с классической Taq-полимеразой
• Устойчивость к ингибиторам ПЦР
• Высокая чувствительность при работе с низкокопийными мишенями
• Отсутствие 5′→3′ экзонуклеазной активности (5′-нуклеазы): подходит для HRM-анализа и не используется в TaqMan-зондах
• A-overhang: добавление аденина на 3'-конец, готово для TA-клонирования.

Ферментативные активности:

• 5’→3’ ДНК-полимеразная активность
• 3'→5' экзонуклеазная активность (proofreading)
• отсутствие 5’→3’ экзонуклеазной активности
• Терминальная трансферазная активность: присутствует. Добавляет A-overhang для TA-клонирования.
• Hot Start блокировка антителами: активность восстанавливается при начальной денатурации (после 60°C).

Температурные характеристики:

• оптимальная температура элонгации: 68–74 °C
• температура активации Hot Start: выше 60 °C (полная активация при начальной денатурации)
• денатурация: 95 °C

Применение:

• Амплификация геномной ДНК.
• Амплификация кДНК.
• Получение длинных ампликонов для анализа генов и клонирования.
• Амплификация GC-богатых участков (промоторы, CpG-островки).
• Детекция и амплификация низкокопийных мишеней.
• Работа со сложными матрицами (вторичная структура, повторы).
• Подготовка библиотек для NGS (с универсальных адаптеров).
• Скрининг бактериальных клонов (колонии напрямую).
• Рутинные задачи ПЦР (универсальная ферментная система для повседневных задач).

Типы образцов:

• Геномная ДНК
• кДНК.
• Кровь (до 5% объёма реакции).
• Бактериальные колонии.
• Слабоочищенные пробы.

Совместимость с методами:

• Совместимо: SYBR Green и другие интеркалирующие красители,TA-клонирование.
• Не совместимо: TaqMan-зонды и аналогичные гидролизные зонды.

Хранение и транспортировка:: −15…−25 °C
Срок годности: 12 месяцев с даты поставки при соблюдении режима хранения.

Состав: химически модифицированная Taq ДНК-полимераза, dNTP, Mg2+, буфер, стабилизаторы фермента.

Отсутствие красителя в смеси делает смесь универсальной и позволяет использовать любые интеркалирующие красители (SYBR Green I, EvaGreen и др.), флуоресцентные пробы (TaqMan, HybProbe, Molecular Beacons), а также проводить end-point ПЦР.

Наличие у Taq полимеразы 5′→3′ экзонуклеазной активности обеспечивает эффективную работу с гидролизуемыми зондами.

Благодаря химической модификации фермент заблокирован до 95 °C и активируется за 3–10 мин при 95 °C, что обеспечивает строгий контроль неспецифической амплификации.

Хранение и транспортировка:: −15…−25 °C

Срок годности: 12 месяцев с даты поставки при соблюдении режима хранения.